烈冰NovelCyto VS 10X GEM-X 之小鼠PBMC,烈冰国产微孔法与进口10X微流控的巅峰对决!

针对《NovelCyto VS 10X GEM-X的头对头测试》专题，前面四期，烈小冰陆续带大家完成了肺组织、胰腺组织、肝组织和脑组织的头对头对比——无论是普通实体组织，还是难解离的复杂器官，两个平台均各具优势。

今天，我们换个赛道，从实体组织转向悬浮细胞——PBMC（外周血单个核细胞）。细胞组成以免疫细胞为主，两个平台在PBMC样本上又会交出怎样的答卷？烈小冰这就带大家一探究竟。

Step1：实验过程与细胞质控

首先，取同一份小鼠抗凝全血样本，用淋巴细胞分离液分离PBMC ，残留红细胞进行裂红处理后质控（细胞活性：97.93%，细胞总数：200万），随后取2份同等细胞数量的悬液，分别在NovelCyto V2平台和10X Genomics（10X 3' V4试剂盒）平台开展上机实验。

Step2：细胞统计与分析质控

为保证两平台的技术指标一致，烈小冰采用STARsolo算法对NovelCyto V2的数据进行统计，该算法能得到和Cell Ranger几乎完全一致的结果，随后与Cell Ranger计算得到的10X的结果进行比较。

PBMC作为经典免疫样本，细胞类型构成清晰且不存在稀有细胞群，两平台在细胞类型的捕获上并无系统性偏差，需要客观承认的是，NovelCyto V2 在细胞内 reads 占比上仍低于 10X GEM-X（86.19% VS 95.30%）。总体而言，NovelCyto V2在PBMC样本的表现上是距离10X GEM-X是有一定差距的。

Step3：细胞类型与表达特征

然而，测序质控参数仅反映技术层面的基础质量，尚不足以判定平台间的生物学等效性，我们还需要去研究细胞类型组成的一致性，带着这个问题，烈小冰先来审视两个平台在细胞大类层面的整体表现。

UMAP降维可视化显示两平台细胞呈高度共定位，无显著批次效应。细胞组成分析表明，主要亚群比例在NovelCyto V2和10X GEM-X平台间保持高度一致：B细胞 67.34% VS 66.89%、T细胞24.42% VS 24.21%、NK细胞 4.14% VS 3.93%。

六大细胞类群水平的比较仅反映了两个平台的整体检测能力，烈小冰进一步将T/NK和Monocyte细胞提取出来进行亚群细分，在更高分辨率下考察 NovelCyto V2与 10X GEM-X的一致性。

在T/NK 细胞亚群层面，NovelCyto V2 完整复现了10X GEM-X的8个亚类分群格局，各亚群比例高度趋同。Monocyte 亚群细分结果同样显示，NovelCyto V2与10X GEM-X在单核细胞亚类构成上保持一致，整体分布趋势逐步靠拢10X GEM-X。

每个细胞测到多少个基因、多少条转录本？我们接着往下看。

两张箱线图清晰地展示了两个平台在单细胞检测深度上的差异。在Gene number per cell方面，NovelCyto V2的中位基因数稍高；在Transcript number per cell方面，趋势完全一致。

总之，NovelCyto V2在稳步缩小与行业标杆10X GEM-X的差距，展现出良好的国产化替代的潜力。

结语

微流控和微孔法——从来不是谁取代谁，而是让每一种样本都有最适配的解法。NovelCyto V2——悬液浓度要求低，杂质碎片耐受强，细胞类型全，基因检出多，数据稳定。为每一份珍贵样本找到最优解。烈小冰，让选择更从容，让科研更自由。

致敬经典，进化不息！