烈冰NovelCyto VS 10X GEM-X 之小鼠脑组织,烈冰国产微孔法与进口10X微流控的巅峰对决!

针对《NovelCyto VS 10X GEM-X的头对头测试》专题，在过去的三期推送中，我们先后完成了肺、胰腺和肝组织的头对头对比，从测序质控到细胞类型鉴定，两个平台在不同组织样本中表现各具优势。这一期，我们把目光转向结构最复杂、细胞类型最丰富的器官——大脑。

今天，烈小冰就带大家看看，脑组织样本在NovelCyto V2与10x GEM-X的正面对决中，具体结果如何呢？接下来让我们一探究竟。

Step1：实验过程与细胞质控

首先，取同一份小鼠脑组织样本进行剪碎消化过滤后，分别质控（细胞活性：88.91%，细胞总数：280万），随后取2份同等细胞数量的悬液，分别在NovelCyto V2平台和10x Genomics（10x 3' V4试剂盒）平台开展上机实验。

Step2：细胞统计与分析质控

平台对比最怕的不是数据有差异，而是差异来自分析方法而非技术本身。为了让两个平台的技术指标真正可比，我们在数据处理上做了统一：NovelCyto V2 的数据采用STARsolo 算法完成细胞识别和表达定量，10x GEM-X 的数据则使用官方Cell Ranger流程处理。

NovelCyto V2 覆盖广度：总检出基因 25561 个，多出近 1700 个。

Step3：细胞类型与表达特征

质控数据看完了，接下来进入正题——两个平台到底都测到了哪些细胞类型？比例分布怎么样？这直接决定了后续分析。

首先，两个平台都鉴定出了10种细胞类型：星形胶质、小胶质、内皮、少突胶质、CPECs、神经元、SMC、室管膜细胞、巨噬细胞和成纤维细胞，大类完全对的上，UMAP的分群结构也基本一致，说明两个平台看到的细胞类型谱是一样的。

对于难捕获的细胞，NovelCyto V2是高手，最亮眼的是内皮细胞：NovelCyto V2多拿到1219个细胞，比例领先了近8个百分点。在常规无富集的单细胞测序流程，内皮细胞在脑组织中本身占比低，NovelCyto V2在这一项上的优势非常突出。但不可否认的是，NovelCyto V2在星形胶质细胞捕获较少，而10x GEM-X的优势很明确——星形胶质细胞捕获量更大。

NovelCyto V2在内皮、神经元、巨噬、成纤维这些细胞类型上都拿到了更多，适合关注细胞类型多样性的研究；10x GEM-X则在星形胶质这种主力细胞类型上更集中，适合重点研究星形胶质功能的场景。

前面看的都是 "有多少细胞、分成什么类型"，最后回到最本质的问题：每个细胞到底测到了多少东西？我们按 10 种细胞类型分别画了箱线图，上图是基因数，下图是转录本（UMI）数，用 Mann-Whitney U 检验做了显著性比较，*** 代表差异极显著，ns 代表无差别。

在基因数方面，10x GEM-X在星形胶质、小胶质、内皮、室管膜细胞、CPECs、巨噬细胞、成纤维细胞这7种类型中都显著高于NovelCyto V2。差距最大的是CPECs（脉络丛上皮细胞），这说明对于CPECs这种转录本丰度较高的细胞类型，10x GEM-X的单细胞捕获深度优势非常明显。整体来看，10x GEM-X在"每个细胞看的多深"这件事上，对比NovelCyto V2来说是相对更高的。NovelCyto V2平台最让人意外的是神经元，在基因数和转录本数两张图上，NovelCyto V2的神经元中位数都显著高于10x GEM-X。NovelCyto V2赢在"覆盖广、对占比低的细胞更友好”；10x GEM-X赢在"测的深"。

结语

凡为过往，皆为序章。烈小冰推出NovelCyto V2，将用更优的数据、更稳的产出、更香的价格，向世界宣告：国产单细胞，也能打出王炸！与每一位探索者并肩，共赴星辰大海！

致敬经典，进化不息！