微孔法 vs 微流控：5种样本类型头对头实测，单细胞平台该怎么选？

单细胞平台的比较，不能只看一张数据质控表，也不能只用一种“标准样本”下结论。不同组织的质地、细胞敏感及脆弱性、碎片杂质水平、细胞组成和转录本丰度差异很大，同一平台在不同样本中的优势也可能发生变化。

为更接近真实项目场景，我们选取肺、胰腺、肝、脑和PBMC共5种小鼠样本，将同一份细胞悬液分出等量两份，在NovelCyto V2微孔平台和10x GEM-X微流控平台开展头对头测试。每个平台均投入25,000个细胞；NovelCyto V2数据采用STARsolo统计，10x GEM-X数据采用Cell Ranger统计，并从细胞捕获、数据有效率、单细胞检出深度、细胞类型覆盖和组织适配性等维度进行比较。

先说结论：两个平台均能产出高质量的数据用于下游分析，细胞类型两个平台一致，数据可比。NovelCyto V2在肝、脑和胰腺等复杂组织和敏感/脆弱细胞中显示出细胞捕获、总基因覆盖或细胞内reads利用率方面的优势；10x GEM-X在barcode有效率以及部分样本的单细胞检出深度上更优。真正有意义的选择，应回到研究目标和样本特征。

一 五类样本测试结果回顾

所有比较均基于同一样本消化所得细胞悬液的等量上机，尽量减少个体差异和前处理差异。脑、肝、肺和PBMC细胞采用UMI大于1,000的过滤条件，胰腺采用UMI大于500。由于不同平台的总reads数并未完全拉平，本文将捕获细胞数、每细胞reads数和每细胞基因数分别解读，不把测序量差异直接等同于建库性能差异。

1 测序基础数据

图1  五类样本NovelCyto V2与10x GEM-X测序质控指标汇总

基础数据质控重点指标总结如下：

2 逐类样本结果

肺组织--两个平台整体表现最接近

肺组织中，两平台的捕获细胞数分别为15,236和14,571，差异仅4.6%；测序饱和度分别为51.75%和50.80%。10x的每细胞中位基因数高约5.1%，NovelCyto V2的总检出基因数高约6.7%。更重要的是，两平台在髓系、淋巴系、上皮和间质细胞的大类组成及进一步亚群结构上高度一致。分细胞类型观察，10x在淋巴细胞的基因检出上略占优势，而NovelCyto V2在肺泡巨噬细胞和成纤维细胞中表现更好。(下表为单细胞分析过滤了一些低质量细胞后的结果)

胰腺组织--NovelCyto V2对碎片多的复杂悬液表现突出

胰腺组织消化后往往伴随较多碎片杂质，是检验平台样本耐受性的典型场景。NovelCyto V2的Fraction Reads in Cells为86.65%，显著高于10x的51.80%；每细胞中位基因数为1,846，较10x增加35%；总检出基因数增加13.8%，测序饱和度也更高。两平台均覆盖10类主要细胞，但NovelCyto V2对成纤维细胞、导管上皮以及部分脆弱淋巴细胞的捕获和表达检出更充分。(下表为单细胞分析过滤了一些低质量细胞后的结果)

肝组织--NovelCyto V2的细胞捕获优势最明显

肝组织是本轮测试中细胞捕获差异最显著的样本。NovelCyto V2检出18,859个细胞，较10x的11,110个增加69.7%；总检出基因数增加9.0%，中位UMI增加11.2%。虽然10x的中位基因数略高5.3%，但NovelCyto V2捕获到的肝实质细胞数量约为10x的3.5倍，并在Kupffer细胞和LSEC等肝脏驻留细胞中呈现更高的基因或转录本检出。对于以肝实质细胞、驻留巨噬细胞或肝窦内皮为重点的研究，这一差异具有直接意义。(下表为单细胞分析过滤了一些低质量细胞后的结果)

脑组织--捕获广度与检测深度各有侧重

在相同25,000细胞投入下，NovelCyto V2检出21,078个细胞，较10x的17,477个增加20.6%；总检出基因数为25561，也高出7.1%。10x的每细胞中位基因数和中位UMI分别为2,681和6,047，高于NovelCyto V2的2,437和5,253。

细胞图谱层面，两平台均覆盖星形胶质细胞、小胶质细胞、少突胶质细胞、神经元、内皮细胞等10类主要细胞。NovelCyto V2对内皮、神经元、巨噬、成纤维细胞的捕获更突出，10x则在星形胶质细胞及多数细胞类型的单细胞检测深度上更具优势。(下表为单细胞分析过滤了一些低质量细胞后的结果)

PBMC--10x 更胜一筹

PBMC中，10x检出17,872个细胞，明显高于NovelCyto V2的10,906个；Valid Barcodes、Fraction Reads in Cells为10x更高。与此同时，NovelCyto V2的每细胞中位基因数为2,271，较10x的1,869增加21.5%；中位UMI增加24.3%，总检出基因数增加9.9%。两平台在B、T、NK等主要免疫细胞比例以及T/NK和单核细胞亚群结构上保持较好一致性。总之,针对PBMC样本,10x数据质量更优。(下表为单细胞分析过滤了一些低质量细胞后的结果)

二 如何根据课题选择平台

要用什么测序类型：NovelCyto V2暂时只能做单细胞转录组测序，10x有很多衍生技术。

复杂悬液和初始细胞数量少：优先选择NovelCyto V2。胰腺样本测试结果充分证明了其独特优势。

关注组织驻留细胞、敏感脆弱细胞：优先选择NovelCyto V2。肝实质细胞、Kupffer细胞、LSEC、脑内皮和胰腺成纤维细胞等结果显示出其潜在适配优势。

补充:在人的样本中，NovelCyto V2对粒细胞的捕获更稳定。

关注跨平台或多批次图谱一致性：应优先检查细胞类型覆盖、亚群比例和批次效应；本轮5类样本总体显示两平台具备良好的生物学可比性。

结语

五类样本的头对头测试给出的答案很明确：微孔法与微流控不是简单的替代关系，而是对不同样本和研究目标提供不同的技术解法。在探索微观宇宙的路上，每一代升级，都是对未知的致敬。NovelCyto V2，以经典为尺，以创新为刃。烈小冰愿做那束光，穿透复杂样本的迷雾，助你洞察生命的真相。

国产当自强！